Panowanie Habsburgów przyniosło Czechom ograniczenie przywilejów stanowych oraz swobód religijnych. W 1618 r. protestanci wyrzucili przez okna Zamku Praskiego dwóch namiestników nowego króla Ferdynanda II (defenestracja praska 1618). Wydarzenie to stało się bezpośrednią przyczyną wybuchu wojny trzydziestoletniej (1618–1648).
Okres pobiałogórski mały|Defenestracja praska w 1618 r. Miedzioryt z 1662 r. mały|Bitwa na Białej Górze. Obraz Pietera Snayersa z 1620 r. mały|Mapa Ziemi Korony Czeskiej z 1747 r., ukazująca stan sprzed wojny trzydziestoletniej Konsekwencją klęski Czechów na Białej Górze w 1620 r. była przymusowa rekatolicyzacja kraju, likwidacja monarchii elekcyjnej i zaprowadzenie sterowanego z Wiednia absolutyzmu. Czechy w latach 1486–1706 nie należały do Królestwa Niemieckiego, ale król Czech posiadał status elektora przy wyborze cesarza. Wraz z rekatolicyzacją doszło także do niemal całkowitej germanizacji szlachty i mieszczaństwa. Większość protestanckiej szlachty czeskiej emigrowała za granicę, a jej majątki były konfiskowane. Wielu czeskich mieszczan przeszło na judaizm, będący wówczas jedyną legalną alternatywą wobec katolicyzmu. Dorobek kulturalny protestantów uległ w znacznej mierze zniszczeniu, palono protestanckie książki i dzieła sztuki.