Po trasie poruszały się pociągi pasażerskie do Nowego Dworu Gdańskiego i Lisewa. Poza tym kursowały pociągi towarowe, które, szczególnie jesienią, gdy szyny były śliskie, miały problemy z wjazdem po stromym podjeździe koło Malborka Kałdowa. Wówczas na ratunek często wzywano drugą lokomotywę z Malborka Wąskotorowego.
W styczniu 1920 po obu stronach mostu nad Nogatem utworzono urzędy celne: na prawym brzegu – Rzeszy Niemieckiej, a w Kałdowie – WM Gdańska, co spowodowało pewne utrudnienia w ruchu pociągów. Mimo tego przez cały okres międzywojenny pociągi osobowe i towarowe kursowały.
W czasie II wojny światowej przewozy wąskotorówką osiągnęły nienotowane dotąd wielkości, a odcinek ten stanowił ważne ogniwo łączące dwie części kolejki. Od 27 stycznia 1945, gdy miasto Malbork i zamek krzyżacki zostały zamienione w twierdzę, mostu strzegli żołnierze Wehrmachtu. W końcu gdy obrona miasta nie miała już szans, w dniu 9 marca 1945 wieczorem żołnierze niemieccy opuścili miasto i wysadzili most w powietrze.