W 1997 Schmeiser znalazł na swoich polach modyfikowane genetycznie rośliny rzepaku „Roundup-Ready” koncernu agrochemicznego Monsanto. Według jego przypuszczeń nasiona mogły być przeniesione z wiatrem z pól sąsiednich rolników albo też wypaść z przejeżdżającej ciężarówki. W następnym roku wysiał nasiona zebrane ze swoich pól na powierzchni około 400 ha, po czym został oskarżony przez koncern o naruszenie prawa patentowego. Spór prawny trwał wiele lat. Wydany w 2004 wyrok nie nałożył na rolnika opłat licencyjnych ani kar, gdyż nie osiągnął on korzyści z uprawy odmiany rzepaku o szczególnych właściwościach odporności na herbicyd Roundup. Stwierdzono jednak, że zasadniczo nie miał on prawa do uprawy opatentowanej odmiany, gdyż pojawiła się na jego polu przypadkowo..
Zaangażowanie społeczne W czasie sporu prawnego Schmeiser stał się symbolem i rzecznikiem walki niezależnych rolników o swoje prawa i zwolennikiem surowych regulacji i obowiązków dotyczących odpowiedzialności za uprawę roślin modyfikowanych genetycznie. Percy był zapraszany na liczne wykłady, w których ostrzegał przed stosowaniem GMO w rolnictwieMartwe Zbiory – Wojna o materiał siewny (Część 1/5) – youtube-Video.. Często towarzyszyła mu żona Louise. W październiku 2000 Schmeiser za swoje zaangażowanie otrzymał Nagrodę im.