Największą wartość posiadały rękopisy (Apostoł krystynopolski z XII wieku, Buczacka i Przemyska Ewangelia, obie z XIII wieku, Nomokanon z XV wieku, utwór Petra Mohyły Knyha duszy, narycaemaja złoto, utwór Perestroha, Lwowski Litopys i inne), oryginały dokumentów Władysława Opolczyka z 1375, przywileje, hramoty, zarządzenia polskich królów z lat 1522–1767, dokumenty i listy hospodarów wołoskich w sprawie Cerkwi Wołoskiej, szkoły brackiej i drukarni z lat 1558–1694, hramoty patriarchów Konstantynopola z lat 1586–1670 i inne, akty Bractwa Lwowskiego; starodruki (gramatyka Adelfotes z 1591), a także zabytki sztuki cerkiewnej. Opis muzeum Instytutu opublikowali: Iłarion Swiencićkyj w 1908 i Isydor Szaranewycz („Ruskie Muzeum Instytutu Stawropigijskiego we Lwowie”) w 1937.
W drugiej połowie XIX wieku Instytut został opanowany przez opcję moskalofilską (tak, jak i inne ukraińskie instytucje – Narodnyj Dim i Matyca Hałycko-Ruska, która nie dopuszczała nowych członków, należących do ukraińskiego ruchu narodowego).