Zur philosophisch-politischen Identität der europäischen Moderne, Baden-Baden: Nomos Verlagsgesellschaft, 2000. Wolność, rozum, intersubiektywność, Warszawa: Oficyna Naukowa, 2002. Wykłady z klasycznej filozofii niemieckiej + CD, Warszawa: PWN, 2011. Wykłady z filozofii nowoczesności, Warszawa: PWN, 2012.
Tłumaczenia "Prawdy szukamy obaj". Z korespondencji między Goethem i Schillerem. Wybrali, przełożyli i opracowali Jerzy Prokopiuk i Marek J. Siemek. Czytelnik, Warszawa 1974 (tłumaczenie listów Schillera). Martin Heidegger, Nauka i namysł; Przezwyciężenie metafizyki, w: Martin Heidegger, Budować, mieszkać, myśleć. Eseje wybrane. Wybrał, opracował i wstępem opatrzył Krzysztof Michalski. Czytelnik, Warszawa 1977, s. 256–283, 284–315. György Lukács, Młody Hegel. O powiązaniach dialektyki z ekonomią. Przełożył i wstępem poprzedził Marek J. Siemek. BKF, PWN, Warszawa 1980. György Lukács, Historia i świadomość klasowa. Przełożył i wstępem poprzedził Marek J. Siemek. BWF, PWN, Warszawa 1988. Georg Wilhelm Friedrich Hegel, Życie Jezusa. w: G.W.F. Hegel, Życie Jezusa (przełożył Marek J. Siemek). Z. Freud, Mojżesz i monoteizm (przełożył Jan Doktór). Przedmową opatrzyła Zofia Rosińska. Czytelnik, Warszawa 1995. Johann Gottlieb Fichte, Teoria Wiedzy. Wybór pism, t. I. Wybrał, przełożył, wstępem i przypisami opatrzył Marek J.