MOS 6502 w odróżnieniu od swojego konkurenta Z80 nie ma specjalnych rozkazów do obsługi urządzeń wejścia-wyjścia. Obszar stosu zaimplementowano za pomocą 8-bitowego rejestru stosu (SP), odwołującego się wyłącznie do pierwszej strony pamięci (adresy od 0x100 do 0x1ff).
Wersje Mikroprocesor MOS 6502 był pierwszym modelem "rodziny". Oprócz niego firma MOS Technology zaprojektowała i wprowadziła na rynek inne modele wstecznie zgodne z pierwszym modelem: 6502C „Sally” (nie należy jej mylić z MOS 65C02 a także z również nazwanym 6502C modelem mogącym pracować z częstotliwością 4 MHz) — wersja 6502 różniąca się od oryginału obecnością dodatkowego wyprowadzenia HLT stosowana w 8-bitowych komputerach Atari począwszy od wersji XL (według niektórych źródeł obecna także w ostatnich seriach Atari 400/800). Wyprowadzenie HLT służyło temu, aby układ ANTIC odpowiedzialny za generowanie obrazu mógł wstrzymać pracę procesora w momencie pobierania danych z pamięci obrazu (celem było uniknięcie konfliktów na linii adresowej). Wcześniej za wstrzymywanie pracy procesora odpowiadał zestaw 4 układów scalonych; MOS 6510, stosowany w komputerach produkowanych przez Commodore, np. w Commodore 64;