8 czerwca 1997 Ojciec Święty Jan Paweł II na Błoniach Krakowskich kanonizował Królową Jadwigę oraz poświęcił kamień węgielny pod budowę nowego kościoła na osiedlu Kliny.
10 września 1998 nastąpiło poświęcenie placu pod budowę nowego kościoła. Dokonał tego ksiądz kardynał Franciszek Macharski, metropolita krakowski, a 30 września 1998 rozpoczęto prace ziemne pod fundamenty nowego kościoła. Projekt architektoniczny wykonał architekt inż. Andrzej Bilski. Prace budowlane prowadziła prywatna firma inż. Stanisława Łukasika „INTER-BUD”.
13 października 2000 ks. kardynał Franciszek Macharski odprawił pierwszą mszę św. w surowych murach nowej świątyni i wmurował w ścianę kamień węgielny i akt erekcyjny w tulei ze stali nierdzewnej. Nowo wznoszony kościół św. Jadwigi Królowej na os. Kliny Borkowskie był darem parafii Matki Boskiej Zwycięskiej na Wielki Jubileusz A. D. 2000 jako pomnik, który będzie świadczył o wierze i religijności parafian.
24 czerwca 2001 dekretem kardynała Franciszka Macharskiego z dnia 12 czerwca 2001 roku erygowano nową parafię św.