W Boże Narodzenie 1989 roku Franciszek Macharski wydał akt erygujący parafię Miłosierdzia Bożego na osiedlu Oficerskim. Pierwszym proboszczem został mianowany Zygmunt Kosek. 15 marca 1990 roku prezydent Edward Raczyński podarował Kościołowi plac. Powstały plany kościoła i rozpoczęto gromadzenie materiałów budowlanych. Autorem projektu został Stanisław Niemczyk. W Boże Narodzenie 1990 roku Franciszek Macharski odprawił Pasterkę.
Ostatecznie pozwolenie na budowę kościoła udało się uzyskać dopiero 29 marca 1991.
Prace budowlane przy kościele rozpoczęto 15 marca 1990. Kamień węgielny został wmurowany 4 kwietnia 1992 przez Kazimierza Nycza. Pierwsza msza została w kościele odprawiona 7 czerwca 1992 roku, a 9 czerwca 1993 Kardynał Franciszek Macharski poświęcił nowy kościół. 17 marca 1994 roku Jan Szkodoń poświęcił dzwony. Uroczystość konsekracji kościoła odbyła się 5 listopada 2000 roku. Dokonał Franciszek Macharski.
W 2010 roku na 20-lecie parafii została wydana książka Miejsce to wybrał Pan – Historia i działalność Parafii Miłosierdzia Bożego w Krakowie (os.