Nowy klub został oficjalnie zaprezentowany 27 czerwca 2002 przez Alejandro Burillo, prezesa Grupo Pegaso, oraz Pablo Salazara Mediguchíę, gubernatora stanu Chiapas.
Od razu po powstaniu zespół Jaguares przystąpił do rozgrywek meksykańskiej Primera División, debiutując w niej 3 sierpnia 2002 przegranym 1:3 domowym spotkaniem z Tigres UANL. Premierową bramkę w dziejach drużyny strzelił Lucio Filomeno. Mecz ten był rozgrywany jeszcze na stołecznym Estadio Azul, gdyż dopiero kilka dni później drużyna dostała formalne pozwolenie na występy na obiekcie Estadio Víctor Manuel Reyna w Tuxtla Gutiérrez. Pierwsze w historii klubu zwycięstwo zawodnicy prowadzeni wówczas przez argentyńskiego szkoleniowca Salvadora Capitano odnieśli 24 sierpnia 2002 w wygranej 1:0 po bramce Filomeno wyjazdowej konfrontacji z San Luis. Na koniec swojego debiutanckiego sezonu Apertura 2002 drużyna Jaguares zajęła dopiero przedostatnie, dziewiętnaste miejsce w tabeli.