Piłkarze z Tuxtla Gutiérrez, których czołowym zawodnikiem był wówczas kolumbijski napastnik Jackson Martínez, po zwycięstwie w dwumeczu rundy wstępnej z peruwiańską Alianzą Lima trafili do grupy z boliwijskim Jorge Wilstermann, brazylijskim Internacionalem i ekwadorskim Emelekiem. Po awansie z drugiego miejsca w grupie podopieczni Cruza wyeliminowali kolumbijski Atlético Junior, a w ćwierćfinale odpadli po dwumeczu z paragwajskim Cerro Porteño.
W maju 2013 klub został sprzedany zarządzanej przez Amado Yáñeza firmie Grupo Delfines ze względu na ograniczenie finansowania zespołu przez władze stanowe, niską frekwencję (około 12 000 widzów na mecz) i słabe wyniki osiągane przez drużynę. Yáñez przekazał licencję zespołu z Chiapas spadkowiczowi z pierwszej ligi, ekipie Querétaro FC, która dzięki temu utrzymała się w najwyższej klasie rozgrywkowej, zaś klub Jaguares przestał istnieć. Kilka dni później biznesmen Carlos López Chargoy, właściciel drużyny San Luis FC, przeniósł jednak licencję swojej ekipy do Tuxtla Gutiérrez, zmieniając jej nazwę na Chiapas Fútbol Club.