W 2016 opublikowano raport dotyczący molestowania i przemocy fizycznej w chórze Regensburger Domspatzen w latach 1953–1992. Ratzinger zaprzeczał wówczas, że jako kierownik chóru wiedział o przemocy w chórze. Autor kolejnego raportu (opublikowanego w 2017), adwokat Ulrich Weber, niezależny rzeczoznawca, zarzucił Ratzingerowi odwracanie oczu od przemocy fizycznej dokonywanej na dzieciach, nie ma jednak dowodów, że wiedział on także o wykorzystywaniu seksualnym dzieci. Biskupstwo Ratyzbony zareagowało na raport przyznaniem się do winy.
W 2019 opublikowane zostały wyniki analizy dotyczącej chóru Regensburger Domspatzen zleconej przez diecezję ratyzbońską. Analiza obejmowała lata 1945–1992. Według raportu, w czasie prób chóru Ratzinger łatwo wybuchał gniewem i stosował nadmierny rygor, którego następstwem były kary cielesne i psychicznie upokorzenia. Po próbach z kolei był otwarty na problemy chłopców. Ofiarami przemocy w ratyzbońskim chórze padło w całym badanym okresie co najmniej 500 uczniów. Jak poinformował biskup Voderholzer, za wyrządzone krzywdy wypłacono do tej pory prawie 3,8 mln euro. Ofiary otrzymały od 2,5 tys. do 25 tys. euro zadośćuczynienia.