W pobliżu zachodniej granicy Fordonu przebiega wododział Brdy. W związku z tym cieki z obszaru Fordonu zasilają Wisłę bezpośrednio lub pośrednio. Najwięcej z nich spływa z Wysoczyzny Osielskiej poprzez jary w Zboczu Fordońskim i następnie znika w piaskach dolnego tarasu, zasilając wody podziemne. Na osiedlach Powiśle i Łoskoń znajdują się starorzecza będące pozostałością dawnego koryta Wisły.
Historycznie w skład obecnej dzielnicy Fordon wchodzą obszary przyłączone do Bydgoszczy w 1920, 1973 i 1977 roku. Zachodnie rubieże obecnego Fordonu to północna część gminy Fordonek (między ul. Jasiniecką, Fordońską, Korfantego) wcielonej do miasta Bydgoszczy w 1920 roku. Centralna i południowa część dzielnicy przylegająca do Wisły wraz z Fordonem lokacyjnym to obszar Fordon – dolny taras (830 ha) włączony 1 stycznia 1973 roku. Północna część dzielnicy Fordon składa się z czterech obszarów włączonych do Bydgoszczy 1 sierpnia 1977 roku: zachodniej części wsi Czarnówko (620 ha), wsi Mariampol (674 ha, obecny górny taras), fragmentu terytorium wsi Jarużyn (47 ha) oraz wsi Łoskoń (843 ha).