W roku 2003 Epitaph wywołało pewne kontrowersje, podpisując kontrakt z wykonawcami alternatywnego rapu takimi jak Atmosphere i Sage Francis a także z artystami wykonującymi muzykę power violence/noise/grindcore – The Locust. Zaczęto wtedy dyskutować o samej naturze muzyki punkowej. Niemniej wydaje się, że Epitaph przestało być wytwórnią stricte punkową. W 2007 roku Brett Gurewitz podpisał kontrakt z Kanadyjskim raperem Cadence Weapon.
Mimo że zespół Bad Religion był motorem do założenia wytwórni, w roku 1994 podpisał on umowę z firmą Atlantic (oddział Sony). Pierwszym krążkiem, który ukazał się pod szyldem innego wydawnictwa, była płyta Stranger Than Fiction. Jednocześnie z zespołem rozstał się Brett Gurewitz, który mógł teraz poświęcić cały wolny czas swej wytwórni. Bad Religion znalazł nowego gitarzystę w osobie Briana Bakera. W roku 2001 Brett Gurewitz powrócił do zespołu, a Bad Religion wróciło pod skrzydła rodzimej wytwórni. Od tego czasu Epitaph wydało pięć płyt Bad Religion: The Process Of Belief (2001), The Empire Strikes First (2004), New Maps Of Hell (2007), The Dissent of the Man (2010) oraz True North (2013).