Zapomniani w ferworze kolejnych przewrotów rządowych Meksykanie w większości wymarli, a niedobitków zabrała w lipcu 1917 r. amerykańska kanonierka USS Yorktown.
W następnych latach własność wyspy była przedmiotem sporu między Francją a Meksykiem. W końcu Francja zwróciła się w 1930 r. do Watykanu o rozstrzygnięcie sporu, kto jest właścicielem samotnego atolu. Stolica papieska przekazała temat do rozstrzygnięcia królowi Włoch, Wiktorowi Emanuelowi III, który ostatecznie w 1931 r. przyznał atol Francji.
W 1935 roku z wyspy utworzono osobną posiadłość (Domaine public de l’État français) administrowaną przez Wysokiego Komisarza Francji w Polinezji Francuskiej. Kiedy Clipperton został ostatecznie uznany za własność francuską, odbudowano dawną latarnię morską, a Francuzi założyli na wyspie placówkę wojskową. Placówka pozostała tam tylko przez siedem lat, po czym Francuzi ją opuścili. Pod koniec lat 30. XX w. atol był dwukrotnie odwiedzany przez prezydenta Franklina D. Roosevelta, który chciał, aby został on przejęty przez USA i był wykorzystywany jako baza lotnicza na Pacyfiku. Plany te jednak nie zostały wówczas zrealizowane. Natomiast w roku 1944 w trakcie tajnej operacji armii amerykańskiej na wyspę przybyła niewielka załoga wojskowa. Do 1945 r.