Biskup i arcybiskup limski W 1541 r. został on przeniesiony na nowo utworzoną diecezję limską, zajmując się jej organizacją. Starał się pozyskać fundusze na budowę nowej katedry oraz na uposażenie biskupstwa. Po podniesieniu 12 lutego 1546 r. diecezji do rangi archidiecezji i metropolii kościelnej został jej pierwszym zwierzchnikiem. Dopiero 2 lata później, 9 września 1548 r. otrzymał od papieża paliusz. Oprócz prowadzeniem działalności chrystianizacyjnej w Peru brał udział w łagodzeniu występujących konfliktów społecznych jako mediator.
Jego krytycy zarzucali mu zbytni luksus i przepych przy urządzaniu katedry i pałacu arcybiskupiego oraz nadmierne mieszanie się do polityki. Wspierał oprócz budowy katedry również budowę innych kościołów i klasztorów w Peru. Założył seminarium duchowne oraz szpital św. Anny przeznaczony dla ubogich, głównie Indian.
W 1551 r. zwołał pierwszy synod diecezjalny, poświęcony wytyczeniu standardów katechizacji i prowadzenia misji katolickich w metropolii limskiej. Trwał on do końca lutego 1552 r. Po zakończeniu Soboru Trydenckiego, w którym nie wziął udziału przyjął jego zarządzenia bez zastrzeżeń, zwołując do Limy w 1565 r. kolejny synod biskupów, na którym omawiano kwestie upowszechnienia nauki i wiary chrześcijańskiej wśród ludności tubylczej.