Na zakup dla świątyni pięciu dzwonów złożyli się biskup praski Sergiusz (Korolow), egzarcha zachodnioeuropejski metropolita Eulogiusz (Gieorgijewski), rosyjska społeczność Czechosłowacji oraz król Jugosławii Aleksander I Karadziordziewić.
11 września 1924 biskup Sergiusz (Korolow) poświęcił kamień węgielny cerkwi. Jej projekt wykonał prof. W. Brandt z pomocą studentów architektury: N. Paszkowskiego i S. Klodta. Inspirował się on wyglądem świątyń w Niżnym Nowogrodzie i Pskowie. Przy pracach budowlanych bezpłatnie pracowali mieszkający w Pradze Rosjanie, pod kierunkiem inżynierów A. Mirkowicza, S. Wieliczkina i P. Nachodkina. Po zakończeniu prac budowlanych 22 listopada 1925 została ona poświęcona przez metropolitę Eulogiusza (Gieorgijewskiego). Na uroczystości byli obecni przedstawiciele rządu czechosłowackiego. Obiekt został przypisany do parafii św. Mikołaja w Pradze jako cerkiew pomocnicza.
W 1945 cerkiew św. Mikołaja została zamknięta, co sprawiło, że świątynia cmentarna stała się siedzibą parafii. W latach 1973–1974 z inicjatywy metropolity Doroteusza została gruntownie odremontowana.