Jednak już wcześniej doszło do wyraźnego spadku znaczenia klasztoru w Bad Doberan, kiedy to jego duchową supremację przejął założony w 1419 uniwersytet w Rostocku. W Bad Doberan ustanowiono zarząd książęcy a klasztor przeszedł w posiadanie dowódcy książęcego Jürgena Rathenowa. Z klasztoru usunięto relikwie, doszło do zniszczenia jego zespołu. Książę Ulryk Meklemburski (1527-1603) postanowił ukrócić ten proceder i uratować klasztor. Wkrótce potem na polecenie jego małżonki, księżnej Elżbiety rozpoczęto renowację obiektu. W 1564 ustanowiono Hermanna Kruse pierwszym ewangelickim proboszczem Bad Doberan a kościół klasztorny konsekrowano jako luterański kościół parafialny.
Dzieje kościoła po wojnie trzydziestoletniej Kościół i klasztor zniosły stosunkowo dobrze czas sekularyzacji, nie odnosząc większych uszkodzeń. Dopiero w 1637, podczas wojny trzydziestoletniej, zespół kościelno-klasztorny został splądrowany i zniszczony. Rok później rozpoczęły się prace zabezpieczające na dachu i we wnętrzu świątyni. Pod koniec wojny trzydziestoletniej niektóre budynki klasztorne zostały zburzone.