Stan chemiczny jest określany na podstawie stężenia substancji szkodliwych dla środowiska wodnego (takich jak m.in. benzen, DDT, rtęć, kadm). Stan chemiczny klasyfikowany jest jako dobry lub poniżej dobrego. Jeżeli stan chemiczny wód nie osiąga stanu dobrego, ogólny stan wód oceniany jest jako zły, niezależnie od stanu ekologicznego. Jeżeli stan chemiczny osiąga stan dobry, ogólny stan wód oceniany jest jako dobry jedynie, gdy stan lub potencjał ekologiczny jest przynajmniej dobry, w przeciwnym wypadku ogólny stan wód również oceniany jest jako zły.
Stan ekologiczny wód powierzchniowych – wskaźniki mały|Ilość chlorofilu a jako miara obfitości fitoplanktonu jest stosowana do oceny stanu wszystkich wód powierzchniowych
Stan ekologiczny wyznaczany jest przez trzy grupy elementów wskaźnikowych: elementy biologiczne (podstawowe) elementy hydromorfologiczne (wspierające) elementy fizyczno-chemiczne (wspierające).