thumb|Uczestnicy ekspedycji Schäfera do Tybetu (od lewej): Karl Wienert, Ernst Schäfer, Bruno Beger, Ernst Krause, Edmund Geer (Kalkuta, 1938) Przed 1939 Ahnenerbe zorganizowała kilka ekspedycji naukowych, m.in. na Bliski Wschód, do Boliwii i Tybetu. W 1938 ekspedycję do Tybetu poprowadził zoolog Ernst Schäfer (członek SS od 1933), a wszyscy jej uczestnicy rekrutowali się z szeregów SS, m.in. antropolog Bruno Beger.
Podczas wojny organizacja prowadziła planowe grabieże kolekcji naukowych i bibliotek, materiałów archiwalnych, artefaktów archeologicznych i różnych innych dzieł sztuki. Początkowo to ona zajmowała się grabieżą dzieł sztuki z Polski. Jej członkowie uważali, że dziedzictwo kulturowe na ziemiach polskich jest tak naprawdę dziedzictwem germańskim, które należało zabezpieczyć. 4 września Ahnenerbe wystosowała list do Himmlera, aby ten wydał zgodę na rozpoczęcie „zabezpieczania” dzieł sztuki. Sześć dni później powstała lista zabytków, które były w obszarze zainteresowania organizacji. Operacją miał się zająć oddział profesora prehistorii Uniwersytetu Berlińskiego SS-Untersturmführera Petera Paulsena – Einsatzkommando Paulsen (pełna nazwa brzmiała Kommando Paulsen für die Sichenstellung von Kulturhistorischen Denkmälern in Polen), przy wsparciu Einsatzgruppen.