Najlepsze wyniki osiągnął w sezonie 2000/2001. W zawodach pucharowych ośmiokrotnie plasował się w czołowej dziesiątce, w tym trzy razy stawał na podium: 2 grudnia 2000 roku w Kuopio i 27 stycznia 2001 roku w Steamboat Springs był drugi, a 9 marca 2001 roku w Oslo zajął trzecie miejsce. Wyniki te pozwoliły mu zająć siódme miejsce w klasyfikacji generalnej. Na mistrzostwach świata w Lahti w 2001 roku osiągnął największy sukces w swojej karierze, zdobywając złoty medal w sprincie. Po skokach zajmował drugie miejsce za Jaakko Tallusem z Finlandii, lecz na mecie biegu stawił się pierwszy, wyprzedzając Fina Samppę Lajunena i swego rodaka Ronny'ego Ackermanna. W konkursie metodą Gundersena spisał się słabiej, kończąc rywalizację na ósmym miejscu, uzyskując jednocześnie najlepszy wynik spośród reprezentantów Niemiec. W zawodach drużynowych Niemcy z Baacke w składzie zajęli czwarte miejsce, przegrywając walkę o brązowy medal z Finami.