Lokalnie liczne są nietoperze, w tym szczególnie chronione jak mopek, nocek duży i borowiaczek (wykryty niedawno na terenie Lasu Wawerskiego - dane ze strony Parku). Program czynnej ochrony nietoperzy w MPK jest prowadzony od ponad 20 lat.
Ptaki Na terenie parku żyje wiele gatunków ptaków, wśród których są gatunki zagrożone wyginięciem w skali światowej. Do najbardziej zagrożonych gatunków należą: derkacz, kania ruda, bielik, orlik krzykliwy, nur czarnoszyi, siewka złota, brodziec leśny, błotniak zbożowy, błotniak łąkowy, kropiatka i kulik wielki. W 2000 roku podjęto próbę reintrodukcji sokoła wędrownego.
Gady Jeszcze w latach 80. na terenie parku występował żółw błotny, obecnie trwają prace nad jego reintrodukcją. Dość częste są inne gatunki gadów, takie jak jaszczurka zwinka, jaszczurka żyworodna, padalec, zaskroniec i żmija zygzakowata.
Płazy W parku tę gromadę reprezentują przede wszystkim żaby i ropuchy, huczek ziemny, kumak nizinny, a także traszka zwyczajna i traszka grzebieniasta.
Inne kręgowce Na uwagę zasługują występujące w Świdrze dwa gatunki minoga: strumieniowy i rzeczny.