Stan ekologiczny, rewitalizacja W 2019 potencjał ekologiczny wód zbiornika sklasyfikowano jako słaby, o czym zadecydował stan fitoplanktonu, podczas gdy stan makrozoobentosu był dobry. Zawartość substancji biogennych, tlenu i soli mineralnych w wodzie wskazywała bardzo dobry potencjał ekologiczny, a normy stanu dobrego przekraczało pięciodniowe biochemiczne zapotrzebowanie tlenu. Podobną sytuację stwierdzono w 2012 i 2016.
W 2019 rozpoczęto prace nad projektem „Rewitalizacja i przebudowa Zalewu Zemborzyckiego”. Całość ma na celu oczyszczenie i rewitalizację jeziora. W sierpniu 2020 Wody Polskie ogłosiły, że przy południowej części jeziora powstaną zbiornik wstępny i przepompownia, a także zostaną odbudowane groble. Od strony północnej zostanie przebudowana zapora. Przy zaporze, u zbiegu ul. Bryńskiego z al. Jasińskiego powstanie centrum operacyjno-edukacyjne.
Ponadto dno zbiornika ma zostać pogłębione. Rozważano dwie koncepcje: usunięcie namułu z dna albo usunięcie namułu wraz z torfem. Druga opcja wiązała by się z całkowitym spuszczeniem wody, na co nie zgodziła się Regionalna Dyrekcja Ochrony Środowiska. Remont miał rozpocząć się w 2022 roku, jednak został przełożony na rok 2023 ze względów na oczekiwanie na decyzje środowiskową.