Historia Kościół powstał na przełomie XIII i XIV wieku. W średniowieczu był to kościół parafialny, któremu podlegały tereny, które później weszły w skład parafii: chełmżyńskiej, lisewskiej, czyścieńskiej i prawdopodobnie płużnickiej.
Najstarszy zachowany opis wyposażenia kościoła pochodzi z 1641 roku. Według inwentarzu, w świątyni znajdowały się 4 ołtarze (główny poświęcony Najświętszej Maryi Pannie, boczne: Najświętszej Maryi Panny (najprawdopodobniej poświęcony Matce Bożej Bolesnej, Trójcy Świętej i św. Mikołaja). W ołtarzu głównym znajdowała się figura Matki Bożej. Według spisu z 1641 roku, w kościele znajdowały się m.in.: wyroby ze srebra (monstrancja z krzyżem, dwa pozłacane wielkie srebrne kielichy, relikwiarz św. Mikołaja i św. Andrzeja, kielich mniejszy srebrny, pacyfikał mosiężny, hebanowy krzyż, na którym znajdowała się pozłacana srebrna pasyjka, pozłacana srebrna miseczka dla chorych. W 1676 roku namalowano obraz św. Huberta.
W XVII wieku powstał świecznik w kształcie głowy jelenia, pełniący rolę barometru. Według legend w jego łańcuch wpleciono konopne sznury i włosy niewiast, dzięki którym obraca się głowa jelenia. Kiedy zapowiada się pogodny dzień, a powietrze jest suche, jeleń zwraca głowę w stronę ołtarza głównego.