W wyborach do Parlamentu Europejskiego w 2004 bez powodzenia kandydował z listy koalicji KPEiR-PLD (otrzymał 4422 głosów). W wyborach w 2005 również bezskutecznie startował do Sejmu z listy Polskiego Stronnictwa Ludowego (otrzymał 1087 głosów). Od 2002 do 2006 był doradcą prezydenta Łodzi Jerzego Kropiwnickiego ds. bezpieczeństwa.
W 2008 został zarejestrowany jako niezależny kandydat w wyborach uzupełniających do Senatu zarządzonych w okręgu krośnieńskim przeprowadzonych 22 czerwca 2008 po śmierci senatora Andrzeja Mazurkiewicza; otrzymał 357 głosów, zajmując 10. miejsce wśród 12 kandydatów..
Postępowania prokuratorskie i sądowe W styczniu 2005 w jednej z łódzkich restauracji zespół jego pracowników zatrzymał dwóch mężczyzn. Nagraną dla potrzeb telewizji TVN akcję wyemitowano w programie Detektyw. W 2015 Sąd Apelacyjny w Łodzi prawomocnym wyrokiem uznał działania Krzysztofa Rutkowskiego za bezprawne i nakazał zapłatę 100 tys. zł zadośćuczynienia za naruszenie dóbr osobistych podczas zatrzymania.
W nocy z 22 na 23 lipca 2006 został zatrzymany przez funkcjonariuszy ABW, a następnie tymczasowo aresztowany, w związku z podejrzeniem m.in. o pranie brudnych pieniędzy oraz poświadczanie nieprawdy.