We wrześniu 1980 roku Baza przeszła swój "chrzest bojowy" realizując przedsięwzięcia zabezpieczenia techniczno–rakietowego strzelających pułków rakiet przeciwlotniczych wyposażonych w zestawy typu Kub na poligonie w ZSRR.
Rozkazem Dowódcy Bazy nr PF 45 z dnia 17 października 1989 roku, sformowana została bateria techniczna – Osa.
Sierpień 1996 – zmiana podporządkowania Bazy ze struktur Wojsk Lądowych pod Wojska Lotnicze i Obrony Powietrznej, bezpośrednie dowodzenie Bazą przejmuje Dowódca 3. KOP.
W związku z likwidacją 3 Korpusu OP w roku 2006 Baza zmieniła podporządkowanie i została jednostką bezpośrednio podległą Dowódcy Sił Powietrznych. Baza zaopatruje w rakiety związki taktyczne i oddziały przeciwlotnicze zarówno Sił Powietrznych jak i Wojsk Lądowych.
W czerwcu 2007 roku Baza została jednostką Inspektoratu Wsparcia Sił Zbrojnych z bezpośrednią podległością pod Dowództwo ŚOW.
30 września 2010 na skwierzyńskim rynku nastąpiło wręczenie jednostce sztandaru. Rodzicami chrzestnymi sztandaru ufundowanego przez mieszkańców Skwierzyny zostali Zofia Hibner oraz płk rez.