W latach 1998–2001 był członkiem rad nadzorczych Zakładu Energetycznego Wałbrzych i Agencji Rozwoju Przemysłu.

W 1998, po odejściu z administracji rządowej, podjął pracę w Banku Zachodnim. W latach 1998–2001 był doradcą prezesa zarządu, po przejęciu banku przez Allied Irish Banks w 1999 dzięki poparciu Ryszarda Czarneckiego i Władysława Frasyniuka wszedł do zarządu banku, a następnie został jego dyrektorem. W 2001, po połączeniu Banku Zachodniego i Wielkopolskiego Banku Kredytowego, został członkiem zarządu Banku Zachodniego WBK, a w maju 2007 objął stanowisko prezesa zarządu tej instytucji. Bank ten w tym czasie brał udział w finansowaniu różnych przedsięwzięć kulturalnych, m.in. serialu telewizyjnego Czas honoru oraz filmów Czarny czwartek i 1920 Bitwa Warszawska. Sam Morawiecki zasiadał w Komitecie Nauk o Finansach PAN pierwszej kadencji.

Działalność polityczna do 2015 Był członkiem Partii Wolności. W latach 1998–2002 zasiadał w sejmiku dolnośląskim I kadencji, mandat uzyskał z listy Akcji Wyborczej Solidarność.

Od 2008 do czasu wejścia w skład rządu w 2015 był konsulem honorowym Republiki Irlandii w Polsce. W 2010 został powołany w skład Rady Gospodarczej przy premierze Donaldzie Tusku, w której zasiadał przez blisko dwa lata.