Władze mongolskie nawiązały stosunki dyplomatyczne z Watykanem, których konsekwencją była reaktywacja misji sui iuris w 1992Hanna Schen Chrześcijaństwo w Mongolii, (dostęp: 11.03.2010).
30 kwietnia lub 8 lipca 2002 misja sui iuris Urgi została podniesiona do rangi prefektury apostolskiej i otrzymała obecną nazwę.
28 sierpnia 2016 r. w katedrze pod wezwaniem Św. Piotra i Pawła doszło do wyświęcenia na księdza pierwszego rodowitego Mongoła, ks. Józefa Enkh Baatara.
Ordynariusze 1922–1924: bp Jerome van Aertselaer CICM administrator apostolski, wikariusz apostolski Centralnej Mongolii 1924–1931: bp Everard Ter Laak CICM administrator apostolski, wikariusz apostolski Xiwanzi 1931–1992: sede vacante 1992–2018: bp Wenceslao Selga Padilla CICM od 2020: kard. Giorgio Marengo IMC
Podział administracyjny W skład prefektury apostolskiej wchodzi 8 parafii w tym m.in.: Parafia Matki Bożej Miłosierdzia w Arwajcheer Parafia Matki Bożej Wspomożycielki Wiernych w Darchanie Parafia Miłosierdzia Bożego w Erdenet Parafia świętych Piotra i Pawła w Ułan Bator Parafia świętej Marii w Ułan Bator Parafia Dobrego Pasterza w Ułan Bator Parafia świętej Zofii w Ułan Bator Parafia Świętej Rodziny w Ułan Bator Oprócz tego w Mongolii są