Pozostałe w getcie kilka tysięcy osób pracowało w warsztatach na miejscu.
Obóz Zgodnie z rozkazem Heinricha Himmlera z 21 czerwca 1943, jesienią 1943 getto zostało zamienione na Konzentrazionslager Kauen dla Żydów z terenów bałtyckich (Reichskommissariat Ostland). Obóz stał się centralnym obozem dla wielu mniejszych podobozów rozsianych w okolicach Kowna. Końcem getta stał się dzień 27 marca 1944 roku, kiedy to ponad 1800 osób, głównie kobiety i dzieci, jak i kilkudziesięciu żydowskich policjantów zostało zamordowanych. Rada Starszych (Ältestenrat), która posiadała wielkie zasługi w zakresie samopomocy i organizacji życia w getcie została zniesiona.
Począwszy od 8 lipca 1944 roku, w obliczu zbliżającej się Armii Czerwonej, Niemcy rozpoczęli likwidację obozu. Ponieważ obóz powstał na terenie wcześniejszego getta, wielu więźniów schowało się do przygotowanych zawczasu kryjówek, które Niemcy otwierali za pomocą granatów. Zginęło wówczas około 2000 osób. 4000 Żydów ewakuowano na Zachód marszami śmierci (często do Stutthofu). W dniu wyzwolenia pozostało na terenie b. getta ok.