Były to głównie skreślenia kilku fragmentów oraz skorygowanie innych.

Znaczną ingerencję poczyniła także cenzura (usunięto fragment rozdziału Pierwsze ostrzeżenia opisujący rozmowę Suzina z Wokulskim, opisy pobytu Wokulskiego na Syberii – między innymi passus o jego „czerwonych rękach” – oraz pobyt tamże Szumana i Szlangbauma po ich udziale w powstaniu styczniowym). Tekst był więc cenzurowany dwukrotnie – przed pierwszą publikacją na łamach czasopisma, następnie przy wydaniu książkowym. Usunięty fragment wydrukowano na łamach „Kuriera Warszawskiego” w artykule wspomnieniowym W. Korotyńskiego po śmierci B. Prusa. W wydaniu Zygmunta Szweykowskiego z powieści w okresie dwudziestolecia międzywojennego usunięto wspomniane ingerencje na podstawie zachowanej części manuskryptu autorskiego. W pozostałej części tekstu ustalenie brzmienia najbardziej zgodnego z intencją autorską jest już niemożliwe. Nie zachowały się także informacje dotyczące np. liczby takich ingerencji. Jedna z niewielu danych na ten temat została udokumentowana przez Korotyńskiego, dzięki któremu wiadomo, iż rosyjska cenzura wstrzymała druk 109 odcinka Lalki (we współczesnych wydaniach rozdział ten nosi tytuł Pierwsze ostrzeżenie). W tomie II powieści cenzura interweniowała ok.