Biskupów, zgodnie z motu proprio Vos estis lux mundi, wyznaczyła Stanisława Gądeckiego, arcybiskupa metropolitę poznańskiego, do przeprowadzenia dochodzenia wstępnego w związku z zarzutami wobec biskupa kaliskiego w prowadzeniu spraw dotyczących nadużyć seksualnych niektórych duchownych na szkodę osób małoletnich, które zakończono w lipcu 2020.
W czerwcu 2020 ujawniono w mediach, że w lutym 2018 rektor Wyższego Seminarium Duchownego Diecezji Kaliskiej ks. Piotr Górski złożył na biskupa Janiaka skargę do Nuncjatury Apostolskiej w Polsce dotyczącą tolerowania wśród księży wykorzystywania seksualnego osób małoletnich oraz aktywnego homoseksualizmu. Hierarcha miał również zabiegać o doprowadzenie do święceń diakonatu kleryka, przejawiającego skłonności homoseksualne i przechowującego na swoim komputerze materiały z pornografią, także dziecięcą, a wobec rektora, który sprzeciwił się tym święceniom, stosować mobbing. Kongregacja ds. Duchowieństwa zleciła Stanisławowi Gądeckiemu przeprowadzenie wizytacji apostolskiej w kaliskim seminarium. Powołana przez niego komisja zakończyła dochodzenie we wrześniu 2020, przekazując dokumenty do kongregacji za pośrednictwem Nuncjatury Apostolskiej.