Jednak astronauci, w czasie gdy zajmowali się rozwiązywaniem problemu, bezpowrotnie stracili kontakt z subsatelitą. W związku z tym znajdujący się w Centrum Kontroli Misji w Houston w Teksasie Buzz Aldrin opracował alternatywne ćwiczenia, dotyczące spotkania statków na orbicie, które nie wymagały wykorzystania subsatelity. Polegały na „dogonieniu” pozorowanego członu Agena, które pomyślnie przeprowadzono. Podczas misji astronauci mieli kłopoty ze snem. Zgodnie z planem mieli spać na zmianę, jednak ostatecznie zdecydowali, że muszą uzgodnić swoje cykle snu i aktywności - pracować i spać w tym samym czasie. Problem ten wystąpił zresztą już podczas lotu Gemini 4. Doszli też do wniosku, że muszą zasłaniać okna, ponieważ powolny ruch gwiazd podczas dryfu na orbicie ich dezorientuje. W trzecim dniu misji przeprowadzono ćwiczenia, dotyczące spotkania statków według opracowanych przez Aldrina scenariuszy. Były to pierwsze precyzyjne manewry orbitalne w historii amerykańskiej astronautyki. Astronauci wykonali cztery manewry silnikami OAMS - zmianę apogeum orbity, poprawkę fazową, zmianę płaszczyzny orbity i tzw. manewr koeliptyczny, czyli dopasowanie orbit. Piątego dnia silniczki korekcyjne orbitalnego systemu sterowania przestały działać.