W 1587 roku, kiedy trwały przygotowania do wyprawy Wielkiej Armady, Juan Martínez de Recalde został mianowany admirałem floty inwazyjnej. W lutym 1588 roku zmarł w Lizbonie dotychczasowy dowódca hiszpańskiej floty, markiz Santa Cruz. W tym momencie Juan Martínez de Recalde był najbardziej doświadczonym spośród hiszpańskich admirałów, jednak król Filip II mianował naczelnym dowódcą Armady księcia Medina-Sidonia. Co więcej, chociaż de Recalde jako dowódca floty rezerwowej był nominalnym następcą księcia Medina-Sidonia, został on pominięty w hierarchii starszeństwa, gdyż książę, w tajnym dokumencie, przekazywał swoje zastępstwo faworytowi króla Filipa, Alonso Martinezowi de Leivie, który nie sprawował we flocie Armady żadnej funkcji. Było to odzwierciedlenie feudalnej hierarchii, która panowała w dowództwie hiszpańskiej floty; hierarchia ta wywodziła się jeszcze z czasów, gdy najważniejszą funkcję na statku sprawowali dowódcy lądowi prowadzący abordaż, a nie kapitanowie, dowodzący marynarzami, gdyż w teorii kierowali oni jedynie okrętemKazimierz Dziewanowski: Brzemię białego człowieka. Jak zbudowano Imperium Brytyjskie, Wydawnictwo Rytm 1996, s.