Podobną nazwę nadano wcześniej części dzisiejszego Meksyku, zdecydowano więc na zmianę nazwy i Chile zaczęto określać Indyjską Flandrią.
Tereny Kapitanii, podobnie jak inne posiadłości kolonialne w Amerykach i Azji, były administracyjnie podporządkowane hiszpańskiej Radzie Indii (Real y Supremo Consejo de Indias) i obowiązywało w nich Prawo Indii (Leyes de Indias). W imieniu króla rządy sprawowali wicekrólowie i gubernatorzy, co było typowe dla wszystkich hiszpańskich posiadłości. Na bogatszych terenach przejętych od zorganizowanych społeczności Indiańskich tworzono królestwa, np. Nowe Królestwo Granady, Królestwo Meksyku czy Królestwo Gwatemali.
Chile nigdy nie uzyskało statusu królestwa ani wicekrólestwa, w związku z czym było zależne od Wicekróla Peru.
Historia W 1536 Diego de Almagro sformował pierwszą ekspedycję do badania terytoriów położonych na południe od ziem Imperium Inków, które zostały mu przyznane jako gubernatorowi Nowego Toledo. Po śmierci Almagro, za zgodą Franciszka Pizzaro, badaniem dzisiejszego Chile zajął się Pedro de Valdivia. Ekspedycje wyruszyły w 1539. Valdivia założył miasto zwane Santiago del Nuevo Extremo, a parę miesięcy później, w 1541 uzyskał tytuł gubernatora i kapitana generalnego Nowej Estremadury.