jego zwłoki kilka miesięcy później przewieziono do Leszna.
Twórczość Jonston stworzył wybitne dzieła typu encyklopedycznego. Zgłębiał filozofię, teologię oraz nauki przyrodnicze – szczególne zasługi ma w dziedzinie entomologii, botaniki i ornitologii.
Nauki przyrodnicze Jonston był pierwszym polskim autorem, którego praca była popularyzowana w Japonii i miała wpływ na kształtowanie się wiedzy o historii naturalnej w tym kraju już w czasach sioguna Yoshimune TokugawyJan Jonston – bibliography, Whonamedit.com – A dictionary of medical eponyms [dostęp 2015-07-18].Tokugawa Yoshimune and the Germination of Dutch Studies, Japan-Nederlands Exchange in the Edo Period [dostęp 2015-07-18]..
W 1662 opublikował Dendrographias sive historiae naturalis de arboribus et fructibus tam nostri, quam peregrini orbis libri decem figuris aeneis adornati – pierwszą na świecie monografię dendrologicznąCzłowiek potrzebuje do życia ogrodów i bibliotek. Prace znanych botaników ze zbiorów specjalnych Biblioteki Raczyńskich, katalog wystawy, Poznań, 2016..
Filozofia W epoce w której żył, filozofia i nauki przyrodnicze były ściśle związane. Jego prace zawierają liczne treści związane z filozofią przyrody i etyką.