Historia thumb|Współczesna wizualizacja herbu Margonina oparta na wzorze pieczęci z XVI wieku Pierwotnym herbem miasta była brama forteczna o trzech basztach. Taki wzór widnieje na XVI-wiecznej pieczęci (z napisem SIGIL OPIDI MARGONIN), której odcisk znajduje się na dokumencie z 1602 r. w Archiwum Państwowym w Poznaniu. Według Mariana Gumowskiego herb Margonina należałoby wzorować na tym właśnie artefakcie. A więc na białej tarczy 3-basztowa brama o murach czerwonych. U dołu złote, otwarte wrota. thumb|Herb Margonina w wykonaniu Otto Huppa z 1898 roku Używania pierwotnego herbu zaniechano, gdy właścicielami miasta stali się Ciecierscy herbu Rawicz. Wówczas miasto przyjęło ich herb na swe pieczęcie. Była to panna na niedźwiedziu. Nad tarczą umieszczono klejnot zawierający niedźwiedzia z kwiatkiem i litery S:–M: (sigillum Margonensis). Odcisk takiej pieczęci widnieje na dokumentach z 1787 i 1802 r. znajdujących się w Archiwum Państwowym w Poznaniu. Z użyciem herbu Rawicz przez magistrat Margonina znane są jeszcze trzy pieczęcie. Jedna, z ozdobnymi orłami po bokach i napisem • SIGILLVM • CIVITATIS • MARGONENSIS • 1777 (36 mm), znajduje się w Muzeum Czapskich w Krakowie.