W 1899 roku Mikronezja weszła do niemieckiej strefy wpływów, a od 1914 była zarządzana przez Japończyków. Gdy Japonia wystąpiła z Ligi Narodów w 1933, organizacja zażądała zwrotu wysp, ale Japończycy, uznając je za swoją kolonię, anektowali je w 1934. W 1947 ONZ włączyła ten obszar do Powierniczego Terytorium Wysp Pacyfiku, pod kontrolą Stanów Zjednoczonych. Podczas II wojny światowej w pobliżu wyspy Truk bazę swoją miała flota japońska, a w lutym 1944 w miejscu tym odbyła się operacja Hailstone – jedna z najważniejszych bitew morskich całej wojny.
10 maja 1979 cztery dystrykty terytoriów powierniczych zatwierdziły konstytucję i przyjęły nazwę Sfederowanych Stanów Mikronezji. Od 3 listopada 1986 Mikronezja pozostaje w wolnym stowarzyszeniu ze Stanami Zjednoczonymi. Na podstawie Rezolucji Rady Bezpieczeństwa ONZ nr 703 z 9 sierpnia 1991 roku Mikronezja została członkiem ONZ.