Wikingowie założyli pierwszą osadę w miejscu Waterford w roku 853. Był to jeden z portów, które opuszczono w roku 902, kiedy wikingów wypędzili z tych ziem rodowici Irlandczycy. W roku 914 wikingowie powrócili do Irlandii, odbudowując osadę w Waterford, która miała stać się pierwszym miastem na wyspie. W roku 1137, Diarmuid MacMorrough, Król Leinsteru, napadł na Waterford, lecz nie udało mu się zająć miasta. Powrócił w roku 1170 wraz z najeminkami normańskimi dowodzonymi przez Richarda de Clare, Earla Pembroke. Po zaciętym boju udało im się zająć miasto. Tym samym Anglo-Normanie pojawili się w Irlandii. W roku 1171 król Henryk II wylądował w Waterford, nadając miastu tytuł miasta królewskiego. Podobny tytuł otrzymał Dublin, który został stolicą Irlandii.
W okresie Średniowiecza Waterford było drugim co do wielkości, po Dublinie, miastem Irlandii. W XV w. Waterford odrzuciło dwóch pretendentów do angielskiego tronu: Lamberta Simnela i Perkina Warbecka. Podczas Reformacji, Waterford pozostało miastem katolickim i dołączyło do Konfederacji Kilkenny – niezależnego katolickiego rządu sprawującego swój urząd w latach 1642-1649.