7 maja 558 roku kopuła zawaliła się podczas trzęsienia ziemi. Budowla została wzniesiona w szybkim tempie i na granicy wytrzymałości materiałów. Możliwe, że pośpiech spowodował zbyt szybkie obciążenie niewyschniętej zaprawy łączącej warstwy cegieł. Kopułę odbudował, jednocześnie ją podwyższając, Izydor Młodszy, bratanek Izydora z Miletu (prace zakończono w 563). Wewnątrz kopuły umieszczono krzyż, który później zastąpił wizerunek Chrystusa.
Więcej zmian wprowadzono po przekształceniu kościoła w meczet. Dodano wtedy wysokie minarety i liczne mauzolea, otaczające budowlę. Usunięto część mozaik i fresków, a pozostałe zamalowano. Z okresu osmańskiego pochodzi również osiem drewnianych medalionów, zawieszonych u podstawy kolumny. Są to doskonałe przykłady kaligrafii islamskiej. Umieszczono na nich osiem imion: Allaha, Mahometa, czterech pierwszych kalifów: Abu Bakra, Umara, Uthmana i Alego oraz dwóch wnuków Mahometa: Hasana i Husajna. W XVI wieku przywieziono z Miletu i ustawiono w świątyni dwa olbrzymie naczynia marmurowe, w których prawdopodobnie przechowywano oliwę do lamp.
W 1934, gdy meczet przekształcono w muzeum, rozpoczęto prace związane z odsłonięciem pierwotnego wystroju budynku.
Mozaiki
Większość z istniejących obecnie mozaik powstała po okresie ikonoklazmu. Najpiękniejszymi są: Mozaika w tympanonie bramy cesarskiej.