W 2009 usunięto metalowe gwiazdy zasłaniające twarze dwóch serafinów.

W 1979 podczas swojej pielgrzymki do Turcji Hagię Sofię odwiedził papież Jan Paweł II, w 2006 papież Benedykt XVI, a w 2014 uczynił to papież Franciszek.

W 2016, po raz pierwszy od dokonania w 1935 ustawowej sekularyzacji świątyni, muezin zaintonował w jej wnętrzu ezan, wezwanie muzułmanów do modlitwy. Wydarzenie było transmitowane na żywo przez telewizję państwową TRT. Przyjmuje się, że odejście od świeckości muzeum nastąpiło na polecenie prezydenta Recepa Erdoğana.

W lipcu 2020 sąd administracyjny w Turcji unieważnił dekret z 1934, przekształcający Hagię Sofię w muzeum. Po tej decyzji prezydent tego kraju wydał dokument stwierdzający, że od 24 lipca miejsce to na nowo będzie pełniło funkcję meczetu, czyli miejsca modlitwy muzułmanów. Przeciwko takiej decyzji protestowały władze USA, Francji i Grecji, a także Hieronim II, zwierzchnik greckiego Kościoła prawosławnego oraz Ekumeniczny Patriarcha Konstantynopola Bartłomiej I, duchowy zwierzchnik około 300 milionów prawosławnych na całym świecie. Smutek z powodu tej decyzji wyraził także papież Franciszek. Powodem licznych sprzeciwów w tej sprawie był fakt, że budowla powstała jako świątynia chrześcijańska, która do 1453 była miejscem kultu dla wyznawców chrześcijaństwa wschodniego (od XI w. prawosławnych).