W lutym 1820 roku podniesiono kotwicę i „Uranie” ruszyła w drogę powrotną do Francji. Już na Atlantyku, na wysokości Ziemi Ognistej, statek dostał się pod skrzydło huraganu, co skończyło się wyrzuceniem na skały na Falklandach. W związku z tym, że uszkodzenia były większe niż myślano, załoga wyniosła wszystkie użyteczne przedmioty na brzeg i założyła obozowisko. Po dwóch miesiącach rozbitków uratował przepływający w pobliżu amerykański żaglowiec „Mercury”, który zabrał ich do Montevideo.

Ostatnie lata W Montevideo Freycinet odkupił „Mercurego”, przemianował go na „Physicienne” i pożeglował do Francji, docierając do Hawru w listopadzie. Freycinet zasiadł natychmiast po powrocie do spisywania relacji z podróży. Dzieło Voyage autour du monde sur les corvettes Uranie et la Physicienne zawarte w trzynastu tomach i czterech atlasach było wydawane w ciągu następnych 24 lat, a ostatni tom ukazał się już pośmiertnie.

Osobne prace opisujące ekspedycję wydali Charles Gaudichaud-Beaupré, Jacques Arago i Rose Freycinet, żona podróżnika.

Freycinet był współzałożycielem Paryskiego Towarzystwa Geograficznego (1821);