Jednak i on okazał się być za duży i za ciężki jak na możliwości nowych jednostek napędowych i cały program budowy ciężkiego bombowca został anulowany.
Wybudowane cztery prototypy przebudowano na samoloty transportowe (do modyfikacji użyto dwóch G5N1 i dwóch G5N2). Na wszystkich zamontowano silniki NK7A, zmniejszono liczbę stanowisk strzeleckich demontując grzbietową wieżyczkę strzelecką oraz likwidując ogonowe i podkadłubowe stanowisko strzeleckie. Komora bombowa została przerobiona na komorę ładunkową. Tak zmodyfikowane samoloty otrzymały oznaczenie G5N2-L Model 12 przewoziły 20 - 25 żołnierzy z pełnym wyposażeniem i dwa lekkie działa polowe.
Służba Samoloty G5N2-L Model 12 trafiły do 1021. Grupy Transportowej, gdzie latały na trasach pomiędzy Japonią a Formozą, Filipinami, Marianami i Hongkongiem. Przewoziły pasażerów, broń, amunicję, lekarstwa, pocztę, przywożąc do Japonii między innymi prochy poległych i tropikalne owoce. W jednostce samoloty otrzymały oznaczenia kolejno 21-01, 21-02, 21-03 i 21-05, brak oznaczenia 04 wiąże się z tym, że znak oznaczający cyfrę 4 w języku japońskim może być odczytywany również jako „śmierć”. 19 kwietnia 1944 roku w katastrofie lotniczej utracono maszynę 21-02, na pokładzie której zginęły 23 osoby.