Do bazy transportu już nie mógł powrócić, ale władze resortu leśnictwa zaproponowały mu stanowisko dyrektora Departamentu Użytkowania Lasów w MLiPD.
Proces i więzienie thumb|240px|Grób na cmentarzu junikowskim Wkrótce po objęciu pracy na nowym stanowisku zmontowano przeciw niemu proces sądowy za przynależność do AK. Otrzymał wyrok dożywotniego więzienia, zamieniony później na 15 lat. W więzieniu nie załamał się, przebywał w celach z innymi akowcami. Napisał książkę i szereg artykułów z dziedziny leśnictwa. Wyszedł z więzienia po 6 latach.
W Poznaniu Po wyjściu z więzienia w roku 1956 Florian Budniak znów nie mógł powrócić na dawne stanowisko, stracił też mieszkanie. Wtedy podjął pracę w Instytucie Technologii Drewna w Poznaniu, jako kierownik Zakładu Ekonomiki Drzewnictwa. Otrzymał w roku 1972 tytuł profesora nadzwyczajnego. Na emeryturę przeszedł w roku 1975. Aktywnie działał w Światowym Związku Żołnierzy AK i Polskim Towarzystwie Leśnym. Brał udział w zjazdach leśników-kombatantów. Jest autorem wspomnień „Od PWL do batalionu Las” Zmarł 22 września 1993 roku w Poznaniu, spoczął w Kwaterze Kombatantów Armii Krajowej cmentarza na Junikowie.
Odznaczenia Krzyż Srebrny Orderu Virtuti Militari