Nastąpił potężny wybuch, który spowodował masakrę. Dzieła zniszczenia dopełnił jeszcze wybuch butelek zapalających magazynowanych w kamienicy przy ul. Kilińskiego 3. Zginęło ponad 300 osób, a kolejnych kilkaset odniosło rany. Jedną ze śmiertelnych ofiar był aktor Józef Orwid. Spośród jednostek powstańczych największe straty poniosła kompania „Orląt”, tracąc 80 ludzi, oraz wszystkie kompanie batalionu „Gustaw” (26 zabitych). Batalion „Wigry” miał 14 zabitych i 59 rannych. Świadkowie wspominali, iż szczątki rozerwanych na strzępy ofiar zwisały z rynien, gzymsów i rozbitych okien. Resztki ciał ludzkich znajdywano nawet na sąsiednich ulicach. Przy wybuchu kontuzjowany został także dowódca Armii Krajowej, generał Tadeusz Komorowski ps. „Bór”, który przyglądał się pochodowi z okna pałacu Raczyńskich (przed wojną siedziba Ministerstwa Sprawiedliwości).
Wydarzenia przy ul. Kilińskiego wywarły bardzo przygnębiające wrażenie tak na powstańcach, jak i na ludności cywilnej. Kapitan „Gustaw” zażądał przeprowadzenia śledztwa i osądzenia osób, których nieostrożność spowodowała masakrę, jednakże w obliczu coraz silniejszych niemieckich ataków na Starówkę sprawa ta zeszła wkrótce na dalszy plan.