Flora Szata roślinna jest dość skąpa ze względu na suchość klimatu, jaka obejmuje większość kraju. Lasy zajmują mniej niż 10% powierzchni kraju i znajdują się głównie w górach. Niewielkie fragmenty lasów zwrotnikowych, które zrzucają liście w porze suchej, rosną na wschodnich stokach Gór Sulejmańskich. W delcie Indusu rosną niewielkie połacie lasów namorzynowych. Hindukusz jest pokryty lasami, lecz tylko w miejscach, gdzie występują największe opady deszczu. Rosną tam jodły i świerki, które na wysokości 3500 m n.p.m. przechodzą w zarośla alpejskie z brzozą i jałowcem. W Karakorum rosną lasy cedrowo-brzozowe, które występują wyspowo wśród suchego stepu do wysokości około 3500 m n.p.m. Klasyczne piętra roślinne uformowały się jedynie w najwilgotniejszych partiach Himalajów. Do wysokości 1500 m n.p.m. rosną tam zarośla twardolistne z dziką oliwką i akacją, a wyżej lasy mieszane.
Większość kraju pokrywają pustynie, półpustynie i stepy. Na tych terenach rosną sucholubne zarośla przechodzące w Beludżystanie i na pustyni Thar w bardzo skąpą roślinność kserofityczną.