Duża skuteczność w działaniach bojowych Ki-45 oraz brak postępów prac nad myśliwcem z tandemowym silnikiem Kawasaki Ki-64 i ciężkim, jednosilnikowy myśliwcem Mitsubishi Ki-73 zmusiły lotnictwo Cesarskiej Armii Japońskiej do szybkiego znalezienia skutecznego następcy samolotu Ki-45. W tym czasie zakłady Kawasaki były już gotowe do zaprezentowania Wydziałowi Technicznemu nowej konstrukcji Ki-45 II. Miał to być dwumiejscowy samolot o zwiększonych względem Ki-45 rozmiarach i bardziej aerodynamiczną sylwetką. Projekt wstępnie został zatwierdzony jednak od nowej konstrukcji wymagano załogi jednoosobowej oraz silniejszego uzbrojenia. Projekt Ki-45 II został przystosowany do nowych wymagań i 3 lutego 1943 roku oficjalnie zaakceptowany. Otrzymał on nowe oznaczenie Kawasaki Ki-96. Z powodu dużego zaawansowania prac nad pierwotną wersją Ki-45 II, Wydział Techniczny zaakceptował pomysł dokończenia budowy prototypu Ki-96 w tej wersji, odbiegającej od zaakceptowanej w lutym charakterystyki technicznej. We wrześniu 1943 roku prototyp Ki-96.01 został ukończony i oblatany. Budowane drugi i trzeci prototyp miały być pierwotnie ukończone już w nowej konfiguracji. Nie doszło jednak do tego, jeszcze przed zakończeniem budowy pierwszego prototypu Wydział Techniczny ponownie zmienił wymagania jakie musiała spełniać nowa konstrukcja.