McManus pokazał jednak, że nie zamierza żegnać się z wyczynowym snookerem. Na początek kolejnego sezonu, zakwalifikował się do telewizyjnej fazy Australian Goldfields Open 2012, gdzie poniósł porażkę w pierwszej rundzie z Dingiem Junhui. W eliminacjach pokonał jednak Tony'ego Drago oraz Roberta Milkinsa. Turniej Welch Open 2013 przyniósł McManusowi pierwszy od 2006 roku ćwierćfinał, w drodze do którego Szkot pokonał dużo wyżej notowanych od siebie Barry'ego Hawkinsa i Joe Perry'ego. Szkot zaliczył także przyzwoite występy w Haikou World Open 2013 oraz kilku turniejach z cyklu PTC, w dwóch pierwszych z nich dochodząc do ćwierćfinału. Ostatecznym potwierdzeniem powrotu do formy okazały się Mistrzostwa Świata, do finałowej fazy których McManus zakwalifikował się po raz pierwszy od 2006 roku. Po nierównym meczu w pierwszej rundzie przegrał co prawda z Dingiem Junhui 5-10, jednak kilka dobrych występów w sezonie, pozwoliło przesunąć się Szkotowi na 49.