Wieś królewska Pod koniec XVI wieku nadano z dóbr królewskich 2 włóki ziemi (ok. 34 hektarów) rodowi Marków (Markowiczów), skąd wzięła początek nazwa miejscowości. Wkrótce Jan i Wojciech Markowicze otrzymali też przywilej królewski na posiadanie młyna na rzeczce Długiej, natomiast mieszkańcy zajmowali się głównie uprawą roli. thumb|Położenie Marek względem Warszawy Toczone w kolejnych wiekach wojny (m.in. potop szwedzki, III wojna północna) doprowadzały wielokrotnie do zniszczeń w Markach i okolicy, jak też do utraty życia wielu ówczesnych mieszkańców.
Kalendarium wydarzeń z tego okresu: 1565 – najstarsza wzmianka o rzece Długiej i urządzonych na niej młynach 1601 – najstarsza informacja pisana o wsi Marki w dokumencie podpisanym przez Zygmunta III Wazę 1650 – ludność Marek liczy około 40 mieszkańców 1656 – zniszczenie Marek w czasie trzydniowej bitwy o Warszawę 1765 – najstarszy opis mareckiej karczmy 1794 – udział markowian w insurekcji kościuszkowskiej