Rozwój Zabłocia nabrał tempa w II połowie XIX wieku. Wówczas po wschodniej stronie miasta Podgórze poprowadzono główną linię kolejową Galicji, która biegła z Krakowa do stolicy prowincji, rozpoczęto także prace wokół budowy największej austriackiej fortyfikacji – Twierdzy Kraków. W ostatnich latach XIX powstały zakłady kolejowe, przemysłowe i składnice, funkcjonował dalej port rzeczny, a obszar zabudowy miejskiej ulegał stopniowemu powiększeniu. Nie bez znaczenia dla rozwoju tej części Galicji jest fakt, że gminy prawego brzegu Wisły miały dostęp do surowców i wolną przestrzeń pod nowe inwestycje, a przede wszystkim były zwolnione z płacenia akcyzy. Choć w 1903 roku Podgórze nawiedziło wielka powódź, nie zatrzymała ona rozwoju tej dzielnicy. Powstały za to nowe, rozbudowane wały przeciwpowodziowe. Rozwój wielkiego przemysłu na Zabłociu rozpoczął się jednak dopiero na przełomie XIX i XX wieku, kiedy dzielnica została odgrodzone od Wisły solidnym wałem przeciwpowodziowym. Przed wybuchem I wojny światowej rozpoczęto prace nad czwartą w tym rejonie stacją kolejową Podgórze–Wisła (istnieją już Podgórze–Płaszów, Podgórze – Miasto i Podgórze–Bonarka), która została otwarta w 1911 roku jako stacja towarowa obsługująca pobliskie firmy transportowe i Twierdzę Kraków.