22 października 2004 roku na gali UFC 50 w Atlantic City Hughes pokonał St-Pierre'a, zakładając mu dźwignię na ramię. Następnie dwukrotnie obronił pas (w tym przeciw Pennowi), aby stracić go 18 listopada 2006 roku na UFC 65 w rewanżowej walce z St-Pierre’em. Wcześnie, bo 27 maja 2006 wygrał superfight z trzykrotnym zwycięzcą turniejów UFC Royce’em Gracie.
Kanadyjczyk utracił jednak tytuł, sensacyjnie przegrywając już w pierwszej jego obronie z Mattem Serrą. Skorzystał na tym Hughes, którego wyznaczono na pretendenta nr 1 do mistrzostwa. Do planowanej walki z Serrą jednak nie doszło z powodu kontuzji tego drugiego. Władze UFC zorganizowały więc walkę o tymczasowe mistrzostwo w wadze półśredniej, w której zmierzyli się ponownie Hughes i St-Pierre. Do trzeciej już z kolei konfrontacji między nimi doszło 29 grudnia 2007 roku (UFC 79). Po raz drugi wygrał Kanadyjczyk, pokonując Amerykanina przez poddanie (dźwignia na ramię).
Pół roku później Hughes doznał kolejnej przegranej, gdy został znokautowany przez Brazylijczyka Thiago Alvesa. Porażka ta sprawiła, że na niemal rok wycofał się ze startów.