Było tam też mnóstwo przejść, furtek i pomieszczeń połączonych ze sobą siecią podziemnych chodników, z których większość popadła w zapomnienie.

Wojskowe przeznaczenie budowli przewidywało też istnienie pewnych pomieszczeń militarnych, jak arsenał mieszczący się w twierdzy, czyli w Rocca di Bergamo, gdzie przechowywano broń i wytwarzano proch strzelniczy. Do korpusu twierdzy dobudowano też, istniejącą do dziś, okrągłą basztę, w której mieściła się tzw. szkoła bombardierów, czyli koszary artylerzystów. mały|lewo|300px|Brama Świętego Aleksandra Ze strategicznego punktu widzenia ważny był Fort Świętego Marka, czyli forteca w fortecy. Zajmował on północną część miasta, od Bramy Świętego Aleksandra do Bramy Świętego Wawrzyńca. Jego zadaniem była obrona miasta od strony wzgórz oraz umożliwienie masowej ucieczki mieszkańców w razie jego upadku. Ucieczka ta była możliwa przez otwór w murach zwany Bramą Ratunkową. Ponadto Fort Świętego Marka ukrywał przejście podziemne prowadzące do zamku Castello di San Vigilio, wznoszącego się na wzgórzu górującym nad Bramą Świętego Aleksandra.